Учредителем Университета является Правительство Российской Федерации. Функции управления переданы Федеральному агентству морского и речного транспорта (Росморречфлот) Министерства транспорта Российской Федерации. Подготовка высококвалифицированных специалистов, плодотворная научная деятельность, а также успешная реализация концепции непрерывного транспортного образования явились основанием для преобразования Академии в Университет.

Качество подготовки студентов и курсантов СГУВТ доказывает постоянная востребованность – большая часть дипломированных инженеров в речных организациях Сибири и Дальнего Востока являются выпускниками СГУВТ. Многие из выпускников занимают руководящие посты, являются крупными командирами производства, награждены орденами и медалями, имеют звание Героев Социалистического Труда.

Стоит отметить, что в СГУВТ планомерно проводятся научно-практические конференции с работодателями, конкурсы рабочих специальностей, встречи с ветеранами войны и флота.