История училища началась в военном 1943 году. В тылу на Оби не хватало флота, и эта задача была решена Правительством путем передислокации части судов с Енисея и Печоры, а вот кадровую проблему таким путем решить было невозможно. Квалифицированные и опытные речники ушли на фронт, за них на судах работали женщины, дети, старики без должного образования. А наличие речного флота и специалистов, которые смогли бы выполнять стратегические задачи, было одной из первоочередных необходимостей. Так, в апреле 1943 года распоряжением Совета народных комиссаров СССР был организован Новосибирский речной техникум для подготовки капитанов и механиков со средне-специальным образованием.
Первый набор студентов велся на два отделения – судоводительское и судомеханическое. Уже на следующий год в техникуме была открыта новая специальность – «Водные пути сообщения», а в год Великой Победы - эксплуатационное отделение стажистов для обучения практиков судоводителей и судомехаников без отрыва от производства, позднее оно будет реорганизовано в вечерне-заочное отделение. В 1947 техникум начал набор студентов на финансовое отделение.
Первым пристанищем учебного заведения стал двухэтажный кирпичный особняк дореволюционной постройки на улице Коммунистической, 41, совершенно неприспособленный для занятий. В 1952 году 11 комнат уже никак не могли размещать более 800 учащихся техникума. Необходимо было решать проблему с помещением, которая зрела уже не первый год. Обращения первого директора Марка Ивановича Трясучева к местным властям результата не давали, и тогда он написал письмо Сталину. Благодаря этому отчаянному шагу дело сдвинулось с мертвой точки. К тому же директор техникума уже давно подготовил все расчеты и данные для согласования строительства учебного корпуса, мастерских и общежития для студентов. Свой постоянный дом техникум, переименованный в 1956 году в Новосибирское речное училище, обрел в 1961 году по адресу улица Мичурина, дом 4. Еще через четыре года в эксплуатацию было введено общежитие.
В 1973 в училище открылось электромеханическое отделение, а в 1974 году – заочное отделение для подготовки техников-плановиков, бухгалтеров, а также специалистов плавсостава.
Имя известного сибирского морехода-первопроходца Семена Ивановича Дежнева было присвоено главой Администрации Новосибирской области в 1992 году. Но новая страница истории училища началась в 2006 году, когда НКРУ вошло в структуру Новосибирской государственной академии водного транспорта (ныне СГУВТ). Курсанты получили доступ к материально-технической базе вуза: возможность заниматься в его кабинетах, лабораториях, на спортивных площадках; влились в студенческую социокультурную среду академии.
Несмотря на изменения, училище сохранило свою самобытность и не изменило традициям, заложенным в нем десятки лет назад. Оно осталось гражданским учебным заведением со строевой подготовкой, железной дисциплиной и обязательным форменным обмундированием преподавателей и курсантов. Все это способствовало сохранению нравственных ориентиров обучающейся в нем молодежи, воспитанию настоящих профессионалов и патриотов Родины во все времена и, особенно в 90-е – в сложный переходный для страны период.
За 80 лет учреждение подготовило более 14 тысяч специалистов и долгие годы удерживает своеобразное первенство: около 80% командных и руководящих кадров на реке Обь – выпускники училища. Среди них много примечательных и знаменитых личностей таких как Герой Социалистического Труда Валентин Манаков или кавалер орденов Ленина и Трудового красного знамени Яков Макеров. В честь троих названы суда: «Николай Масленников», «Механик Красоткин», «Николай Яворовский». И этот список замечательных капитанов и механиков – речников, руководителей предприятий и т. д. можно продолжать очень долго. Часть из них связали свою профессиональную судьбу с родным училищем.
Нынешний начальник НКРУ им. С. И. Дежнева Александр Драгун также является выпускником учреждения, который в начале своего трудового пути не предполагал, что однажды возглавит учебное заведение. Теперь первым своим долгом он считает сохранение традиций и настоящего флотского духа училища, в котором молодые ребята – будущее отрасли и государства, не только получают качественное образование, но и закаляют свой характер, находят надежных товарищей и верных друзей, становятся достойными людьми.
