Одновременно было решено ликвидировать существовавший водный факультет Томского политехнического института, обучавшихся на нём студентов перевести в Новосибирск.
Директором института был назначен известный гидротехник Сибири, участник Гражданской войны, инженер-генерал-директор речного флота III ранга Алексей Петрович Морозов. 8 февраля 2021 года исполнилось 120 лет со дня его рождения.
Молодой вуз с тремя факультетами: водных путей, судомеханическим и эксплуатационным расположился в здании бывшего Дворца Труда.
Первое десятилетие деятельности НИИВТ совпало по времени с пятой и шестой пятилетками развития народного хозяйства страны. В этот период произошли значительные изменения в работе речного транспорта. Получил применение метод толкания судов вместо буксировки, произошла полная замена деревянных несамоходных судов металлическими. В бассейны рек поступали дизельные буксиры-толкачи, сухогрузные теплоходы, дизель-электрические землесосы. Производились значительные работы по реконструкции рек Сибири (дноуглубительные работы, строительство гидротехнических сооружений, развитие портов). Всё это способствовало быстрому и многостороннему развитию в институте научной работы. Часть научных работ выполнялась по заданиям Министерства речного флота. Расширялись связи с пароходствами, научными и общественными организациями в стране и за рубежом, проводились совместные работы с учёными Западно-Сибирского филиала АН СССР. В этот период научный коллектив Новосибирского института инженеров водного транспорта работал под руководством доктора технических наук, профессора Владимира Владимировича Лаханина, специалиста в области применения радиоактивных изотопов в судовом машиностроении.
В разное время руководство вузом осуществляли:
Морозов Алексей Петрович (1951 – 1962);
Платонов Александр Михайлович (1962 – 1969);
Седых Алексей Иванович (1969 – 1976);
Дегтярев Владимир Владимирович (1976 – 1980);
Лебедев Олег Николаевич (1980 – 1999);
Рагулин Игорь Анатольевич (1999 – 2012);
Бик Юрий Игоревич (2012 – 2014);
Зайко Татьяна Ивановна (с 2014 по настоящее время).
Каждый из них внёс весомый вклад в развитие материально – технической и научной базы университета: открывались новые факультеты, расширялись кафедры, с 1956 года велась регулярная научная деятельность.
За семь минувших десятилетий СГУВТ превратился в подлинную кузницу подготовки инженерных кадров для речного и морского флота России. Воспитанники университета отдавали и отдают все свои силы и знания дальнейшему развитию водного транспорта нашей страны, идут в ногу с требованиями научно – технического прогресса, с честью оправдывают оказанное им доверие.
Каждый год в историко-патриотическом центре университета проводятся традиционные встречи с выпускниками. Из разных уголков страны съезжаются наши выпускники, чтобы вновь побывать в стенах родного института, которые так притягательны для них всегда: здесь они получили профессиональные знания, здесь каждый из них, молодой, полный сил и желания послужить речному флоту, получил путёвку в жизнь – диплом инженера, отсюда начиналась их трудовая деятельность. С большой благодарностью они вспоминают преподавателей, передавших им свои знания и опыт, так пригодившиеся в жизни и в профессиональной деятельности, счастливо сложившейся для многих из них.
География приложения сил и знаний наших выпускников такова: Иртыш, Обь, Енисей, Лена, Ангара, Амур. Они проектировали и строили водные пути, порты, гидроэлектростанции и целые города, обеспечивали безопасность флота на внутренних водных путях страны, ходили по рекам и морям, осваивали труднодоступные территории. Среди наших выпускников – руководители многих речных пароходств (Иван Иванович Яновский – генеральный директор ОАО «Иртышское пароходство»), портов (Владимир Антонович Кноль – генеральный директор ОАО «Томская судоходная компания», Алексей Андреевич Новаков – директор филиала ПАО ГМК «Норильский никель» – Дудинского морского порта), судоремонтных и судостроительных заводов (Юрий Алексеевич Филиппов – директор Тюменского судоремонтно – судостроительного завода, Виктор Леонидович Шадрин – директор Жатайского судоремонтного завода, Илья Иванович Житков – директор ООО «Сибремфлот»), бассейновых управлений пути (Сергей Валентинович Павлушкин – руководитель Администрации Обского БВП), проектных институтов страны (Евгений Иванович Сусликов – генеральный директор ОАО «Сибречпроект», Николай Николаевич Нефедкин – директор ЗАО «Инженерный центр судового проектирования»), а также прославленные капитаны (Людмила Михайловна Кодухова – капитан-механик рефрижератора «Росслау» и Герои Социалистического Труда Иван Тимофеевич Ма́русев – капитан-механик Енисейского речного пароходства, Валентин Семёнович Манаков – капитан Западно-Сибирского речного пароходства).
Среди наших выпускников политические и общественные деятели (Александр Михайлович Зайцев – Президент Ассоциации портов и судовладельцев речного транспорта, Виктор Иванович Ишаев –губернатор Хабаровского края, полномочный представитель президента Российской Федерации в Дальневосточном федеральном округе (2009 – 2013); Василий Алексеевич Юрченко – губернатор Новосибирской области, Владимир Михайлович Знатков – первый заместитель председателя правительства Новосибирской области, Дмитрий Богданович Кава – генерал-лейтенант полиции, министр внутренних дел по Республике Ингушетия; литераторы: Николай Яковлевич Само́хин – советский писатель в жанре юмористической прозы, журналист, автор двух десятков книг, Нина Матвеевна Соротокина – советская и российская писательница, сценаристка и педагог, автор романа «Трое из навигацкой школы»; и даже космонавты –Анна Юрьевна Кикина – космонавт-испытатель отряда космонавтов Роскосмоса. Труд многих из них Родина отметила государственными наградами. Среди наших выпускников известные спортсмены: Андрей Борисович Перлов – чемпион Олимпийских игр 1992 года в спортивной ходьбе на 50 км, Александра Александровна Леонова-Ржевская – бронзовый призёр летних Олимпийских игр 1988 года.
