Основная задача Университета - обновлять программы образовательного процесса, сохраняя традиции воспитания и подготовки будущих капитанов и инженеров. Теоретические и практические дисциплины преподаются высококвалифицированными преподавателями, а практические занятия проводятся в оборудованных лабораториях и на тренажерах.

Университет в 2019 году впервые осуществляет приём обучающихся по программам бакалавриата в рамках направления 26.03.01 «Управление водным транспортом и гидрографическое обеспечение судоходства» по двум новым профилям «Управление водными и мультимодальными перевозками» и «Эксплуатация и информационное обеспечение водных путей», по программам специалитета по направлению 26.05.07 «Эксплуатация судового электрооборудования и средств автоматики (Эксплуатация судового электрооборудования и средств автоматики объектов водного транспорта)».

Университет имеет структурное подразделение среднего профессионального образования – Новосибирское командное речное училище им. С.И. Дежнёва, куда выпускники могут поступить по окончании 9 или 11 класса на основании аттестата и получить среднее профессиональное образование по специальностям: «Судовождение», «Эксплуатация внутренних водных путей», «Эксплуатация судовых энергетических установок», «Эксплуатация судового электрооборудования и средств автоматики».

График работы приёмной комиссии: в будние дни с 9.00 до 18.00 , в субботу – с 9.00 до 14.00. Справки по телефону 222-12-00.